甲状腺功能低下，也叫甲减，主要是因为甲状腺激素合成及分泌减少，或其生理效应不足所致机体代谢降低的一种疾病。其常见原因有以下几类：
自身免疫因素
自身免疫性甲状腺炎： 这是导致甲减最常见的原因之一。比如慢性淋巴细胞性甲状腺炎（桥本病），约占甲减病因的90%左右。人体自身免疫系统错误地攻击甲状腺组织，使得甲状腺细胞受损，影响甲状腺激素的合成与分泌。这种情况在女性中的发生率相对较高，尤其是30 - 50岁的女性。遗传因素影响： 部分甲减与遗传有一定关系。如果家族中有自身免疫性甲状腺疾病的患者，那么家族成员患甲减的风险可能会增加。研究发现，某些特定的基因变异会使个体更容易发生自身免疫反应攻击甲状腺，从而引发甲减。
甲状腺手术或放射性碘治疗
甲状腺手术： 当因甲状腺结节、甲亢等疾病进行甲状腺部分或全部切除手术后，剩余的甲状腺组织可能无法产生足够的甲状腺激素来维持机体正常代谢。一般来说，甲状腺切除范围越大，发生甲减的概率越高。例如，甲状腺全切术后，约90%的患者会逐渐发展为甲减，需要终身补充甲状腺激素。放射性碘治疗： 常用于治疗甲亢，利用放射性碘被甲状腺摄取后释放射线破坏甲状腺组织，达到治疗甲亢的目的。但如果放射性碘剂量掌握不当或患者对放射性碘敏感，就可能导致甲状腺组织被过度破坏，引发甲减。通常在放射性碘治疗后数月至数年，可能会出现甲减症状，有研究表明，放射性碘治疗后10年内，约50% - 70%的患者会发展为甲减。
垂体或下丘脑病变
垂体病变： 垂体是调节甲状腺功能的重要内分泌器官，垂体瘤、垂体炎症等病变可能影响促甲状腺激素（TSH）的分泌。TSH是刺激甲状腺分泌甲状腺激素的重要激素，垂体分泌TSH减少会导致甲状腺激素合成不足，引发甲减。例如垂体瘤压迫垂体组织，影响TSH的正常分泌，进而影响甲状腺功能。下丘脑病变： 下丘脑分泌的促甲状腺激素释放激素（TRH）能促进垂体分泌TSH。当下丘脑病变时，TRH分泌减少，会使垂体分泌TSH也减少，最终导致甲状腺激素分泌不足，引起甲减。下丘脑的肿瘤、炎症等病变都可能影响TRH的分泌，从而影响甲状腺功能。