自然流产的原因较多，约50% - 60%的早期自然流产与胚胎染色体异常有关。
染色体异常因素
胚胎自身染色体问题： 胚胎在发育过程中，染色体发生数目或结构的异常，这是早期自然流产最常见的原因之一。比如常见的三体综合征，即细胞内某一对染色体多了一条，像21 - 三体、18 - 三体等，这种染色体异常会导致胚胎发育异常，从而引发流产。父母染色体异常： 若父母双方有一方存在染色体结构或数目异常，也可能遗传给胚胎，影响胚胎正常发育，增加自然流产的风险。例如平衡易位携带者，虽然自身表型正常，但孕育的胚胎很可能会因为染色体不平衡而发生流产。
母体因素
内分泌异常： 女性的内分泌系统对维持妊娠至关重要。比如黄体功能不全，会使孕激素分泌不足，无法为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，从而导致流产。据统计，约有20% - 25%的复发性流产与黄体功能不全有关。还有甲状腺功能异常，无论是甲状腺功能亢进还是减退，都可能影响胚胎的生长发育，增加流产几率。甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响胚胎的神经智力发育和生长，容易引发流产。生殖器官异常： 子宫是孕育胚胎的场所，如果子宫存在畸形，如单角子宫、双角子宫等，会影响子宫腔的形态，使胚胎着床和发育受到限制。另外，子宫肌瘤也可能影响子宫的环境，黏膜下子宫肌瘤会阻碍胚胎着床，肌壁间较大的子宫肌瘤可能会影响子宫的血供，进而导致流产。
免疫因素
自身免疫异常： 母体的免疫系统如果出现异常，产生针对胚胎的自身抗体，就会攻击胚胎，导致流产。例如抗磷脂抗体综合征，体内存在抗磷脂抗体，会引起血管内皮损伤，影响胎盘的血供，使胚胎得不到充足的营养和氧气供应，从而发生流产。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫耐受不足也会导致流产。正常妊娠时，母体对胚胎处于一种免疫耐受状态，若这种耐受失衡，母体免疫系统将胚胎识别为“异物”并进行攻击，就会引发流产。
环境因素
化学物质接触： 女性在孕期接触一些有毒的化学物质，如苯、甲醛、农药等，可能会影响胚胎的正常发育，增加自然流产的风险。比如长期处于含有较高浓度化学污染物的工作环境中，胚胎受到这些化学物质的侵害，发育过程容易出现问题。辐射影响： 过多接触放射性物质，如长期接触X射线等，会对胚胎细胞造成损伤，干扰胚胎的正常分裂和发育，进而导致流产。例如在没有做好防护措施的情况下，接受了腹部的放射性检查，就可能对子宫内的胚胎产生不良影响。