脑透明隔囊肿是否会消失取决于囊肿大小。透明隔囊肿多因局部积液堆积形成，需根据病情严重程度选择治疗方案。一、会消失：若脑透明隔囊肿体积较小，无明显占位效应，后期随局部积液吸收，可能自行消失，无需特殊处理。二、不会消失：体积较大的脑透明隔囊肿，局部积液堆积较多，易产生占位效应，较难完全恢复，多数无法自行消失，需及时治疗，如通过手术修复。对于脑透明隔囊肿患者，若体积不大，需定期随访，若后期囊肿继续增大应立即就医，若囊肿逐渐缩小，则病情在好转，有恢复可能。
尾段总结：总之，脑透明隔囊肿的消失情况要依据其大小来判断，小体积的可能自行消失，大体积的则难以消失且常需治疗，患者还需做好随访观察，根据变化及时应对。