脑透明隔囊肿一般不会自行消失。
脑透明隔囊肿是一种在脑中线部位的良性囊性病变，通常位于侧脑室之间的透明隔内。大多数脑透明隔囊肿是在进行头颅影像学检查（如CT或MRI）时偶然发现的，患者通常没有明显的症状。
脑透明隔囊肿的形成原因尚不完全清楚，可能与先天发育异常、脑脊液循环受阻等因素有关。目前，还没有特效的方法可以使脑透明隔囊肿消失。对于没有症状的脑透明隔囊肿，一般不需要特殊治疗，只需定期进行影像学检查，以监测囊肿的大小和形态变化。
然而，如果脑透明隔囊肿较大，或出现了脑积水、颅内压增高等症状，可能需要进行治疗。治疗方法包括手术治疗和内镜下开窗术等。手术治疗的目的是去除囊肿，解除脑脊液循环受阻，缓解症状。内镜下开窗术则是通过微创的方式在囊肿上开一个小孔，使囊液引流出来，从而缓解症状。
总之，脑透明隔囊肿一般不会自行消失。对于发现有脑透明隔囊肿的患者，应及时就医，医生会根据囊肿的大小、症状等情况，制定个性化的治疗方案。