治疗毛囊炎的药物需根据病情来选择，一般来说，外用药物较为常用。比如局部细菌感染引起的毛囊炎，常用莫匹罗星软膏，它对革兰阳性球菌有较好的抗菌作用，能帮助抑制局部炎症。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏： 适用于革兰阳性球菌引起的皮肤感染，像金黄色葡萄球菌、链球菌等导致的毛囊炎可以使用。它能阻碍细菌蛋白质合成，从而发挥抗菌功效。夫西地酸乳膏： 对引起毛囊炎常见的葡萄球菌有良好的抗菌活性，可用于治疗由敏感菌引发的毛囊炎，能有效减轻炎症、红肿等症状。
抗真菌类药物
酮康唑乳膏： 如果是真菌引起的毛囊炎，比如马拉色菌感染导致的，酮康唑乳膏就比较适用。它能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，起到抗真菌作用。联苯苄唑乳膏： 同样针对真菌性毛囊炎，通过抑制真菌细胞膜的合成来发挥抗真菌功效，帮助缓解因真菌感染引起的毛囊炎症状。
中药外用药
金黄散： 可以用醋或蜂蜜调成糊状，外敷在毛囊炎患处，有清热解毒、消肿止痛的作用，能促进炎症消退。鱼石脂软膏： 有消肿、防腐及温和的刺激性作用，能帮助减轻毛囊炎部位的红肿、疼痛，促进脓肿形成。需要注意的是，儿童使用药物时要格外谨慎，比如婴幼儿皮肤娇嫩，使用外用药需在医生指导下进行，避免药物刺激皮肤。同时，若毛囊炎症状较为严重，出现发热等全身症状时，可能还需要配合口服抗生素等治疗，但具体用药要遵循医生的诊断和建议。