治疗毛囊炎常用的药物有抗生素类药物等。一般来说，局部外用抗生素药物是常见的治疗方式，比如莫匹罗星软膏等，对于症状较轻的毛囊炎有较好的效果。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏： 这是一种局部外用的抗生素，能抑制细菌的蛋白质合成，从而起到杀菌作用。它适用于革兰阳性球菌引起的皮肤感染，对于毛囊炎有一定的治疗效果。一般直接涂抹在患处即可。夫西地酸乳膏： 对引起毛囊炎的常见细菌有较好的抗菌活性。可以干扰细菌蛋白质的合成，从而发挥抗菌作用。使用时也是涂抹于患处。
口服抗生素类药物
头孢类抗生素： 如果毛囊炎比较严重，或者外用药物效果不佳时，可能会考虑口服头孢类抗生素。例如头孢拉定等，这类药物通过抑制细菌细胞壁的合成来发挥杀菌作用，但需要注意对头孢过敏的人不能使用。大环内酯类抗生素： 像红霉素等属于大环内酯类抗生素。它可以抑制细菌蛋白质的合成，从而达到抗菌的目的。对于一些对青霉素类药物过敏的毛囊炎患者可能会选用此类药物。
抗真菌类药物
酮康唑乳膏： 如果毛囊炎是由真菌感染引起的，比如马拉色菌感染导致的毛囊炎，就需要使用抗真菌药物。酮康唑乳膏可以抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌的代谢，从而起到抗真菌的作用。伊曲康唑胶囊： 对于较严重的真菌性毛囊炎，可能会需要口服伊曲康唑胶囊。它可以作用于真菌细胞的P450酶系统，影响真菌细胞膜的合成，从而发挥抗真菌功效，但使用时需要注意药物的不良反应以及与其他药物的相互作用等。