治疗毛囊炎的药物有多种，一般局部外用药物较为常用。比如莫匹罗星软膏，它对革兰阳性球菌有很好的抗菌作用，能帮助抑制毛囊炎部位的细菌感染，通常可每天外用2 - 3次。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏： 适用于革兰阳性球菌引起的毛囊炎，它能阻碍细菌蛋白质的合成，从而发挥抗菌功效。一般直接涂抹在患处，每天使用2 - 3次。夫西地酸乳膏： 对引起毛囊炎的金黄色葡萄球菌等有较好的抗菌活性，可涂抹于毛囊炎的皮损部位，一天使用2 - 3次。
抗真菌类药物
酮康唑乳膏： 如果是真菌引起的毛囊炎，比如马拉色菌感染导致的毛囊炎，酮康唑乳膏就比较适用。它可以抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌代谢，一般每天外用1 - 2次。特比萘芬乳膏： 能抑制真菌角鲨烯环氧化酶，达到抗真菌的效果，用于治疗真菌性毛囊炎时，每天涂抹1 - 2次在患处。
中药类外用药
金黄膏： 具有清热解毒、消肿止痛的作用，可用于热毒蕴结引起的毛囊炎。将金黄膏均匀涂敷在患处，能起到一定的消肿散结等作用，根据病情每天可使用1 - 2次。鱼石脂软膏： 有温和的刺激性，能消炎、消肿、防腐，适用于初期毛囊炎，可涂抹在患处，一天使用1 - 2次，但如果皮肤有破损则不宜使用。需要注意的是，使用药物治疗毛囊炎时，要保持皮肤清洁，避免搔抓。如果毛囊炎症状严重，比如大面积感染、伴有发热等全身症状时，可能还需要结合口服药物治疗，但具体用药需在医生指导下进行，不同情况用药选择会有所不同。