三个月宝宝便秘的治疗方法包含养成排便习惯、改善饮食结构、使用益生菌或开塞露辅助排便、进行手术治疗等，具体应依据病因和个人情况选择，且要遵医嘱。以下进行详细阐述：
一、养成排便习惯：三个月宝宝由于肌肉、神经等处于发育阶段，排便反射较弱，所以要给宝宝养成定时定期排便的良好习惯。
1.可以每天在固定时间引导宝宝排便，让宝宝逐渐形成条件反射。
(1)比如在早晨起床后或饭后一段时间，尝试让宝宝坐在便盆上。
(2)过程中保持耐心和温柔，通过轻声安抚等方式让宝宝放松。
二、改善饮食结构：如果长期食用高蛋白质而少糖的食物，易导致大便干结引起宝宝便秘，此时需调整饮食结构。
1.增加富含膳食纤维的食物摄入，如蔬菜汁、水果泥等。
(1)蔬菜可选择菠菜、芹菜等。
(2)水果可选择苹果、香蕉等。
2.适当增加水分的摄入，保证宝宝体内水分充足。
三、辅助方法：若奶量或辅食进食少导致大便形成速度慢，出现便秘假象，或长期进食不足影响身体发育和排便功能，通常可适当服用肠道益生菌帮助消化，或直接使用开塞露缓解症状，但改善过程相对较长，且三个月宝宝属特殊人群，务必遵医嘱用药。
1.益生菌能调节肠道菌群平衡，促进肠道蠕动。
(1)常见的益生菌有双歧杆菌等。
(2)要严格按照医生建议的剂量服用。
2.开塞露能刺激肠壁引起排便反射，但不能过度依赖。
(1)使用时要注意操作方法和剂量。
(2)避免损伤宝宝肠道。
四、手术治疗：若宝宝便秘是由先天性巨结肠、先天性甲状腺功能低下等病理因素导致，可能需要根据患儿病情严重程度、年龄、全身状况等多种因素选择相应的药物或手术治疗。
总之，三个月宝宝便秘的治疗不可急于求成，必须对因对症治疗，切不可自行用药以免延误病情导致严重后果。