肚脐下小腹很痛可能由多种原因引起，比如女性生理期时，约有60%~90%的女性会出现痛经，表现为肚脐下小腹疼痛，通常在月经来潮前1~2天开始，经期第1天疼痛最剧烈，持续2~3天后缓解。
妇科疾病相关
痛经：除了原发性痛经，子宫内膜异位症也会导致肚脐下小腹疼痛，这种疼痛可能在月经期间加重，还可能伴有月经量增多、经期延长等情况。另外，盆腔炎也会引起肚脐下小腹疼痛，一般为下腹部隐痛、坠胀感，同时可能伴有白带增多、异味等症状，病情严重时还可能出现发热等表现。妊娠相关：对于怀孕的女性，如果出现肚脐下小腹疼痛，可能是先兆流产，多发生在妊娠28周前，会有少量阴道流血或下腹隐痛，有时伴有腰背痛。还有可能是宫外孕，典型症状是停经、腹痛与阴道流血，腹痛常为一侧下腹部隐痛或酸胀感，当输卵管妊娠流产或破裂时，会突然感到一侧下腹部撕裂样疼痛。
肠道问题导致
肠炎：急性肠炎可能因进食不洁食物引起，肚脐下小腹会出现疼痛，同时伴有腹泻，每天排便次数可能达数次至十余次，大便多为稀水便或黏液便。慢性肠炎也会有肚脐下小腹隐痛的情况，病程较长，一般会反复发作，还可能伴有消化不良、大便不成形等表现。肠梗阻：肠梗阻会导致肚脐下小腹疼痛，同时伴有呕吐、停止排气排便等症状。如果是不完全性肠梗阻，可能还有少量排气排便，但腹痛会比较剧烈，呈阵发性绞痛。
泌尿系统问题
膀胱炎：膀胱炎患者会出现肚脐下小腹疼痛，同时有尿频、尿急、尿痛的症状，尿频表现为排尿次数明显增多，尿急是一有尿意就迫不及待需要排尿，尿痛是排尿时尿道或耻骨上区疼痛。输尿管结石：输尿管结石会引起肚脐下小腹剧烈疼痛，疼痛常突然发作，呈绞痛样，还可能伴有血尿，尿液中可出现红细胞，严重时会出现恶心、呕吐等症状。