原发性脑干损伤后遗症通常会给患者带来多方面的影响。一般来说，患者可能会出现长期的意识障碍、肢体运动障碍等情况。比如部分患者可能会长期处于植物生存状态，或者存在不同程度的肢体瘫痪等问题。
意识障碍方面
持续性意识模糊： 有些患者会长期处于意识模糊状态，对外界刺激的反应较迟钝，难以清晰地感知周围环境和与他人进行有效的交流。这种意识障碍可能会持续数月甚至更久。昏迷状态迁延： 严重的患者可能会陷入长期昏迷，昏迷时间可能超过数周，且苏醒的可能性相对较低，需要长期的医疗护理来维持生命体征等基本状况。
肢体运动障碍表现
肢体瘫痪情况： 患者可能出现单侧或双侧肢体的瘫痪，比如单侧肢体肌力明显下降，无法正常进行自主活动。部分患者上肢可能无法抬起，下肢也难以正常行走。运动协调障碍： 还会存在运动协调方面的问题，走路时可能会出现步态不稳，像醉酒样步态，在进行精细动作时也会困难重重，比如拿东西时难以准确握住。
其他相关后遗症
认知功能受损： 部分患者会出现认知功能的下降，表现为记忆力减退，难以记住近期发生的事情，注意力也难以集中，对周围事物的理解和判断能力也会受到影响。言语功能障碍： 可能伴有言语功能障碍，比如说话含糊不清，表达能力受限，难以用清晰的语言来表达自己的需求和想法。而且患者还可能出现吞咽困难等问题，影响正常进食，需要通过鼻饲等方式来保证营养摄入。