原发性脑干损伤是一种严重的颅脑损伤，其后遗症较多。据临床统计，约有30% - 50%的原发性脑干损伤患者会遗留不同程度的后遗症。
运动功能障碍方面
肢体瘫痪： 患者可能出现一侧或双侧肢体的瘫痪，表现为肌肉力量减弱，活动受限。严重的患者可能长期卧床，无法自主活动。比如有的患者下肢完全不能动弹，需要长期进行康复训练来尝试恢复部分功能，但恢复情况往往不太理想。运动不协调： 还可能出现运动不协调的情况，像走路时步态不稳，肢体震颤等。这是因为脑干损伤影响了运动传导通路和平衡调节中枢，导致患者在进行精细运动或平衡运动时出现障碍。
认知与精神方面
智力减退： 部分患者会出现智力减退的情况，表现为记忆力下降，对新鲜事物的认知能力减弱，学习和理解能力降低。例如，原本能熟练掌握的知识，现在很难快速学习和记忆。精神症状： 可能出现精神症状，如情绪不稳定，容易激动、烦躁或者抑郁等。这是由于脑干损伤影响了大脑的神经递质调节和情绪中枢，导致患者的精神状态发生改变。
言语功能障碍方面
失语： 患者可能出现失语症，包括运动性失语、感觉性失语等。运动性失语表现为患者能理解他人话语，但自己无法准确表达；感觉性失语则是患者能流利说话，但内容缺乏逻辑，他人难以理解其想要表达的意思。构音障碍： 还可能出现构音障碍，即说话时发音不清，咬字困难。这是因为脑干损伤影响了与言语相关的神经肌肉的协调功能，导致发音器官无法正常协调运动来发出准确的语音。
眼部与吞咽方面
眼部异常： 可能出现眼部异常，比如眼球运动障碍，双眼不能正常转动，视野也可能受到影响。另外，还可能出现瞳孔异常，如瞳孔大小不等、对光反射异常等。吞咽困难： 患者常常会有吞咽困难的问题，进食时容易出现呛咳，导致食物误入气管，增加肺部感染的风险。这是因为脑干损伤影响了吞咽反射的神经调节，使得吞咽功能受损。