怀孕两个月出现阴道褐色分泌物，其原因通常包括生理现象、子宫内膜炎、先兆流产、胚胎停育等。
一、生理现象：在胚胎生长发育过程中，子宫内膜受到刺激可能导致小血管破裂，进而出现少量出血，一般会伴有轻微腹痛。此时应多休息以减轻刺激。
二、子宫内膜炎：子宫内膜发生充血水肿，易出现少量出血、腹痛以及分泌物增多等表现。可遵医嘱服用阿莫西林胶囊、头孢克肟片等药物进行治疗。
三、先兆流产：可能因外伤、孕酮偏低等因素引起，导致胚胎部分从宫壁剥离，出现出血和腹痛等症状。要遵医嘱应用黄体酮胶囊、地屈孕酮片等保胎药物，同时需注意卧床休息。
四、胚胎停育：由于先天发育异常等原因，胚胎停止发育并逐渐萎缩，表现为妊娠反应消失、阴道出血和腹痛等。这时应及时遵医嘱进行清宫手术以终止妊娠。
此外，还有可能是宫外孕、葡萄胎、宫颈癌等原因导致该情况，必须及时就诊，通过进行化验、B超等相关检查来明确原因，以便尽快进行治疗。总之，怀孕两个月出现阴道褐色分泌物时，应尽快明确原因并采取相应措施。