怀孕三个月肚子隐隐作痛，可能是以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大，以适应胎儿的生长发育。在这个过程中，子宫可能会出现牵拉痛或不适感。
2.子宫韧带拉伸：子宫周围的韧带会随着子宫的增大而被拉伸，可能会引起腹部隐痛或牵扯痛。
3.激素变化：怀孕后，女性体内的激素水平会发生变化，这也可能导致腹部不适。
4.其他：如消化不良、肠胃炎、腹部受凉等，也可能引起腹部隐痛。
如果疼痛不严重，没有阴道流血等异常情况，一般不需要特殊处理，注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持心情愉悦，合理饮食，注意保暖即可。但如果疼痛持续加重或伴有阴道流血等异常情况，应及时就医，进行相关检查，如B超、孕酮等，以排除先兆流产、宫外孕等异常情况。
此外，在怀孕期间，应注意定期进行产前检查，及时了解胎儿的发育情况，发现问题及时处理。同时，应注意个人卫生，保持心情愉悦，合理饮食，避免接触有害物质，以保障自身和胎儿的健康。