阴茎短小的原因有多种。一般来说，遗传因素是比较常见的原因之一，如果家族中有阴茎短小的遗传倾向，那么后代出现阴茎短小的概率可能会相对较高。
内分泌因素：
激素分泌不足： 体内雄激素分泌不足会影响阴茎的发育。例如，先天性促性腺激素缺乏症患者，体内雄激素水平较低，可能导致阴茎发育欠佳。正常男性青春期时雄激素大量分泌，促进阴茎生长，如果这一过程出现问题，就可能引发阴茎短小。下丘脑 - 垂体病变： 下丘脑或垂体出现病变，会影响促性腺激素的分泌，进而影响雄激素的产生。比如垂体瘤等疾病，可能导致促性腺激素分泌异常，从而影响阴茎的正常发育。
发育异常因素：
胚胎期发育不良： 在胚胎发育过程中，如果出现异常情况，可能导致阴茎发育短小。例如，母亲在孕期受到某些不良因素影响，如感染、接触有害物质等，可能干扰胎儿阴茎的正常发育。先天性阴茎发育畸形： 一些先天性的阴茎发育畸形也会导致阴茎短小，像先天性阴茎缺如、隐匿阴茎等情况，都会使阴茎外观看起来短小。
肥胖因素：
脂肪堆积影响： 过于肥胖的男性，下腹部脂肪堆积较多，会使阴茎根部被脂肪覆盖，从外观上看阴茎显得短小。这种情况通过减肥，减少腹部脂肪后，阴茎外观可能会有所改善，但这并不是真正的阴茎短小得到了纠正，而是视觉上的变化。