宝宝阴茎短小的原因有以下几点：
1.遗传因素：宝宝的阴茎大小可能与遗传有关。如果家族中有阴茎短小的成员，那么宝宝也可能会受到影响。
2.内分泌失调：宝宝的内分泌系统对于阴茎的发育也非常重要。如果宝宝的内分泌失调，例如缺乏睾酮等激素，可能会导致阴茎发育不良。
3.发育异常：宝宝的阴茎发育可能会出现异常，例如尿道下裂、阴茎弯曲等，这些情况可能会影响阴茎的正常发育。
4.其他因素：宝宝在母体内的发育情况、出生时的体重、母亲的健康状况等因素也可能会对宝宝的阴茎发育产生影响。
需要注意的是，宝宝的阴茎大小会随着年龄的增长而发生变化，一般在青春期后会逐渐发育成熟。如果家长对宝宝的阴茎大小存在疑虑，建议及时咨询医生，进行详细的检查和评估。医生会根据具体情况给出相应的建议和治疗方案。