眼睛莫名其妙肿了一只还疼，可能是以下原因引起：
1.麦粒肿：
麦粒肿是一种眼睑腺体的急性化脓性炎症，可表现为眼睛红肿、疼痛。常由细菌感染引起，如金黄色葡萄球菌。此外，不注意眼部卫生、长期使用化妆品、免疫力下降等也可能导致麦粒肿。
2.睑腺炎：
睑腺炎又称麦粒肿，是一种感染性疾病，常由细菌感染引起，与麦粒肿类似，但症状可能更严重，如红肿、疼痛、发热等。
3.蚊虫叮咬：
如果眼睛被蚊虫叮咬，可能会出现红肿、疼痛的症状。
4.过敏：
如果对某些物质过敏，如花粉、化妆品等，可能会引起过敏反应，导致眼睛红肿、疼痛。
5.感染：
如结膜炎、角膜炎等，也可能导致眼睛红肿、疼痛。
6.其他：
如外伤、眼部肿瘤等，也可能导致眼睛红肿、疼痛。
针对这种情况，建议采取以下措施：
1.注意眼部卫生，避免用手揉搓眼睛。
2.避免长时间用眼，注意休息。
3.保持眼部清洁，可以用生理盐水冲洗眼睛。
4.可以使用冷敷的方法缓解疼痛和肿胀，但要注意避免冻伤。
5.如果症状持续不缓解或加重，建议及时就医，明确诊断后进行治疗。
需要注意的是，眼睛是非常敏感的器官，如果出现红肿、疼痛等症状，应及时就医，避免延误病情。此外，对于儿童、老年人、糖尿病患者等免疫力较低的人群，更应引起重视，及时就医。