肠炎的治疗药物有多种，一般来说，常用的有益生菌类药物、抗生素类药物等。比如益生菌类中的双歧杆菌四联活菌片，能调节肠道菌群，改善肠道功能，可用于肠道菌群失调引起的肠炎等。
一、益生菌类药物
枯草杆菌二联活菌颗粒： 含有枯草杆菌和肠球菌等有益菌，能补充肠道有益菌群，抑制有害菌生长，对因肠道菌群紊乱导致的肠炎有一定治疗作用，儿童也可在医生指导下使用。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 以活菌进入肠道后，对葡萄球菌、酵母样菌等致病菌有拮抗作用，而对双歧杆菌、乳酸杆菌、拟杆菌、消化链球菌有促进生长作用，从而调整肠道菌群失调，达到治疗肠炎的目的。
二、抗生素类药物
诺氟沙星胶囊： 属于喹诺酮类抗生素，对肠道杆菌等有较好的抗菌作用，可用于敏感菌引起的肠道感染导致的肠炎，但18岁以下青少年禁止使用，因为可能影响骨骼发育。阿莫西林胶囊： 是青霉素类抗生素，如果肠炎是由敏感菌感染引起，且患者无青霉素过敏等情况时可使用，它能抑制细菌细胞壁的合成，从而发挥抗菌作用来治疗肠炎。
三、止泻收敛类药物
蒙脱石散： 对消化道内的病毒、细菌及其产生的毒素等有固定、抑制作用，同时对消化道黏膜有覆盖保护能力，能吸附肠道内的多余水分，起到止泻作用，可用于各种肠炎引起的腹泻症状，儿童也能使用。药用炭片： 能吸附肠道内的气体、细菌及其产生的毒素、腐败产物等，减少对肠黏膜的刺激，从而减轻肠炎引起的腹泻等症状，但不宜长期大量使用。