新生儿脂肪酸代谢异常多由遗传因素引起，比如某些特定的基因突变。据研究，这类遗传因素导致的脂肪酸代谢异常相关基因缺陷约有数十种，不同的基因缺陷会引发不同类型的脂肪酸代谢异常情况。
遗传因素导致
基因缺陷方面： 常见的是参与脂肪酸β氧化过程的相关基因发生突变。例如，长链3-羟基酰基辅酶A脱氢酶缺乏症相关基因、中链酰基辅酶A脱氢酶缺乏症相关基因等出现突变，就会影响脂肪酸正常的代谢过程。这些基因的突变大多是父母携带致病基因遗传给新生儿的，属于常染色体隐性遗传方式，即父母双方都是致病基因携带者，新生儿有25%的概率会继承到两个致病基因从而发病。
孕期因素影响
孕期营养不均衡： 如果孕妇在孕期长时间缺乏某些与脂肪酸代谢相关的营养物质，像肉碱等。肉碱是参与脂肪酸转运进入线粒体进行氧化代谢的重要物质，孕妇孕期肉碱摄入不足，可能会影响胎儿正常的脂肪酸代谢功能。比如孕妇长期素食且不注意肉碱补充，就可能增加新生儿脂肪酸代谢异常的风险。孕期接触有害因素： 孕妇在孕期接触了一些有害化学物质，如某些工业毒物、药物等，也可能干扰胎儿的脂肪酸代谢。例如孕期接触到一些具有肝毒性或影响线粒体功能的药物，可能会间接影响胎儿脂肪酸的正常代谢过程，但这种情况相对遗传因素来说概率较低。
新生儿自身代谢特点
新生儿代谢不完善： 新生儿的线粒体功能以及脂肪酸代谢相关的酶系统在出生后还处于不断完善的阶段。相比成人，新生儿的脂肪酸代谢能力较弱，对于一些外界因素的适应能力差。如果新生儿在出生后受到感染、低血糖等情况影响，就更容易出现脂肪酸代谢异常。比如新生儿出生后发生感染，机体处于应激状态，会改变脂肪酸的代谢途径，导致脂肪酸代谢紊乱；新生儿低血糖时，机体为了供能会动用脂肪酸，但由于自身代谢不完善，可能无法正常完成脂肪酸的代谢过程，进而引发脂肪酸代谢异常。