新生儿脂肪酸代谢异常多由遗传因素引起，比如某些特定的基因突变会导致脂肪酸代谢相关酶缺乏或功能异常。据研究，这类遗传因素所致的新生儿脂肪酸代谢异常约占相关病例的70%以上。
遗传因素相关情况
基因缺陷类型：常见的有长链3-羟基酰基辅酶A脱氢酶缺乏症相关基因缺陷、中链酰基辅酶A脱氢酶缺乏症相关基因缺陷等。不同的基因缺陷会影响脂肪酸在体内的代谢过程，导致脂肪酸无法正常分解利用。遗传方式：大多呈常染色体隐性遗传。这意味着父母双方通常都是致病基因的携带者，各自携带一个突变基因，他们的孩子有25%的概率继承两个致病基因从而发病。
孕期因素影响
母体营养状况：如果孕妇在孕期长期营养不良，尤其是缺乏某些与脂肪酸代谢相关的营养物质，像维生素B族等，可能会影响胎儿脂肪酸代谢相关酶的合成或功能，增加新生儿脂肪酸代谢异常的风险。例如，孕期严重缺乏维生素B2，可能干扰脂肪酸代谢过程中的某些关键步骤。孕期疾病影响：孕妇在孕期患有某些代谢性疾病，如糖尿病控制不佳，高血糖环境可能影响胎儿的脂肪酸代谢途径。研究发现，孕期糖尿病孕妇所生新生儿发生脂肪酸代谢异常的几率比正常孕妇所生新生儿高约2倍。
出生后环境因素
喂养情况：新生儿出生后若喂养不当，比如过早摄入不合适的配方奶，其中的脂肪酸组成或含量不符合新生儿代谢需求，可能引发脂肪酸代谢异常。例如，配方奶中长链脂肪酸比例过高且新生儿自身代谢长链脂肪酸的能力不足时，就容易出现问题。感染因素：新生儿出生后如果发生感染，尤其是严重感染，会影响机体的代谢调节机制，进而干扰脂肪酸代谢。有临床数据显示，新生儿感染后约15%会出现不同程度的脂肪酸代谢异常表现。