治疗直肠炎的药物有多种，常见的如氨基水杨酸制剂，像柳氮磺吡啶，可用于轻、中度直肠炎的治疗，能抑制炎症反应。
氨基水杨酸制剂类
柳氮磺吡啶： 它是常用的氨基水杨酸制剂，通过在肠道内分解为磺胺吡啶和5-氨基水杨酸，5-氨基水杨酸可抑制前列腺素合成，从而减轻炎症反应，对轻、中度的直肠炎有一定疗效。美沙拉嗪： 也属于氨基水杨酸制剂，有口服剂型和栓剂等。栓剂可直接作用于直肠部位，局部发挥抗炎作用，用于直肠炎的治疗，能缓解直肠炎引起的腹泻、腹痛等症状。
糖皮质激素制剂类
氢化可的松栓剂： 对于炎症较明显的直肠炎，可使用糖皮质激素制剂栓剂，如氢化可的松栓剂，它能快速减轻直肠黏膜的炎症、水肿等反应，但长期使用可能会有一些副作用，需在医生指导下谨慎使用。布地奈德灌肠剂： 布地奈德是一种局部作用较强的糖皮质激素，制成灌肠剂后直接作用于直肠和结肠部位，能有效减轻肠道炎症，对直肠炎的治疗有较好效果，不过也需要注意其可能带来的如局部刺激等不良反应。
微生态制剂类
双歧杆菌四联活菌片： 直肠炎可能会影响肠道菌群平衡，微生态制剂如双歧杆菌四联活菌片，含有多种有益菌，可调节肠道菌群，改善肠道微生态环境，辅助直肠炎的治疗，有助于肠道功能的恢复。枯草杆菌二联活菌颗粒： 该制剂中的有益菌能补充肠道正常菌群，抑制有害菌的生长繁殖，对因肠道菌群失调引起的直肠炎有一定的调节作用，可在一定程度上缓解直肠炎相关的不适症状。