女性腺肌症的发生原因目前尚未完全明确，一般认为可能与多次妊娠及分娩、人工流产、慢性子宫内膜炎等造成子宫肌层损伤有关，有研究显示，约15%的腺肌症患者合并子宫内膜异位症，约50%合并子宫肌瘤。
子宫肌层损伤相关因素
多次妊娠与分娩： 女性在妊娠过程中，子宫肌层会发生一系列变化，多次怀孕分娩会使子宫肌层受到反复损伤，增加腺肌症的发病风险。比如经产妇患腺肌症的几率相对更高，有过3次及以上分娩经历的女性，患腺肌症的可能性明显大于仅生育1 - 2次的女性。人工流产手术： 频繁进行人工流产会损伤子宫内膜基底层，基底层损伤后，子宫内膜的修复过程可能会影响到子宫肌层，从而诱发腺肌症。有过2次及以上人工流产史的女性，患腺肌症的风险比没有人工流产史的女性要高不少。
子宫内膜异位相关因素
合并子宫内膜异位症： 子宫内膜异位症和腺肌症在发病机制上有一定关联，它们都与子宫内膜的异位种植有关。当子宫内膜组织出现在子宫肌层时，就可能引发腺肌症。大约有15%的腺肌症患者同时合并有子宫内膜异位症，两者相互影响，加重病情。激素水平影响： 雌激素和孕激素等激素水平的异常变化也可能参与腺肌症的发生。雌激素可以刺激子宫内膜增生，若激素调节失衡，子宫内膜向肌层侵袭的可能性增加，从而导致腺肌症。例如，一些体内雌激素水平长期处于较高状态的女性，患腺肌症的风险相对增加。
其他可能相关因素
遗传因素： 有研究表明，腺肌症可能存在一定的遗传易感性。如果家族中有亲属患有腺肌症，那么女性发病的几率可能会高于没有家族史的人群。虽然具体的遗传机制还不十分清楚，但遗传因素在腺肌症的发生中起到了一定作用。慢性子宫内膜炎： 长期的慢性子宫内膜炎会持续刺激子宫肌层，导致子宫肌层发生炎性反应和增生，进而引发腺肌症。患有慢性子宫内膜炎超过1年的女性，患腺肌症的风险比炎症持续时间较短的女性要高。