子宫腺肌症的发生主要与多种因素相关。目前认为，子宫肌层的基底层细胞增生、侵袭到子宫肌层的间质可能是主要原因之一。
子宫肌层损伤相关因素
多次妊娠与分娩：经产妇发生子宫腺肌症的几率相对较高，比如有过多次顺产、剖宫产经历的女性，因为妊娠分娩过程中子宫肌层受到损伤，基底层细胞更容易侵入肌层。宫腔操作史：像多次人工流产、清宫手术等宫腔操作，也可能损伤子宫肌层，增加子宫腺肌症的发病风险。比如有些女性因意外怀孕进行过2 - 3次人工流产，之后就发现有子宫腺肌症相关症状。
雌激素水平影响
高水平雌激素刺激：雌激素可以刺激子宫肌层细胞增生。女性在围绝经期，体内雌激素水平波动较大，这时候容易出现子宫腺肌症相关表现。还有长期服用含有雌激素的药物，也会使体内雌激素水平持续处于较高状态，增加患病风险。例如长期服用某些调节内分泌且含雌激素成分的保健品，可能会诱发子宫腺肌症。
遗传因素作用
遗传易感性：有研究发现，子宫腺肌症具有一定的遗传倾向。如果家族中有亲属患有子宫腺肌症，那么其他女性成员患子宫腺肌症的几率可能相对高于正常人群。比如母亲患有子宫腺肌症，其女儿在青春期后发病的风险可能会有所增加。
免疫因素参与
免疫调节异常：人体免疫系统的异常调节也可能与子宫腺肌症的发生有关。当免疫系统出现紊乱时，可能无法正常识别和清除异常的子宫肌层细胞，导致基底层细胞异常增生侵袭，引发子宫腺肌症。不过具体的免疫调节机制还在进一步研究中，但这也是目前认为的可能因素之一。