肝上的囊肿形成原因较多，其中先天性因素较为常见，约占肝囊肿成因的90%左右。先天性肝囊肿是因胚胎时期胆管发育异常所致，这些异常的胆管逐渐潴留形成囊肿。
先天性发育异常因素
胆管发育异常： 在胚胎发育过程中，胆管的形成出现差错，部分胆管局部扩张就可能逐渐形成囊肿。这种情况从胚胎时期就已开始，是一种先天性的结构异常。遗传因素： 部分先天性肝囊肿可能与遗传有关，如果家族中有亲属患有肝囊肿，那么其他人患肝囊肿的风险可能会相对高一些，但具体的遗传方式等还在进一步研究中。
后天性因素
炎症刺激： 肝脏受到一些慢性炎症的长期刺激，比如胆道慢性炎症等，可能会影响胆管的正常结构和功能，进而导致局部胆管出现囊性扩张形成囊肿。例如，长期存在的胆道炎症没有得到有效控制，就可能逐渐引发肝囊肿。创伤： 肝脏受到外伤等创伤后，局部组织可能会出现修复性改变，在修复过程中有可能形成囊肿。不过这种因创伤导致的肝囊肿相对较少见，但也是后天形成的一个因素，比如腹部受到比较严重的撞击伤后，后续有可能出现肝囊肿。寄生虫感染： 如肝包虫病，是由细粒棘球绦虫的幼虫感染引起的。寄生虫在肝脏内寄生，会引起局部组织的反应，形成囊肿样的病变。在畜牧地区，这种因寄生虫感染导致肝囊肿的情况相对更常见一些。
其他少见因素
肿瘤因素： 极少数情况下，肝脏的一些肿瘤性病变也可能导致类似囊肿的表现，但这与典型的肝囊肿形成机制不同。比如一些囊性肿瘤，其内部是囊性的结构，但从发病原因和病理机制上与先天性或后天性炎症等导致的肝囊肿有差异。不过总体来说，这种因肿瘤因素导致的肝囊肿非常罕见。