先天性发育异常
发生机制：部分囊肿是由于胚胎发育时期组织器官的发育异常所导致。例如，肝囊肿中的先天性肝囊肿，是起源于肝内胆管或淋巴管的异常发育，在胚胎时期，肝内胆管发育障碍，或者淋巴管梗阻，使得管腔扩张形成囊肿。
年龄因素：先天性囊肿在胎儿时期就已形成，出生后可能逐渐被发现，儿童及青少年时期都可能因影像学检查等被检出。
炎症刺激
发生机制：当组织器官受到炎症反复刺激时，可能引发囊肿。比如，附件囊肿中的输卵管卵巢囊肿，多是由输卵管炎症蔓延所致，炎症使输卵管伞端闭锁，浆液性、黏液性渗出物积聚而形成囊肿；再如，胰腺假性囊肿，往往是急性胰腺炎或慢性胰腺炎的并发症，胰腺炎症导致胰液外渗，被周围组织包裹形成囊肿。
生活方式：长期的不良生活方式可能增加炎症发生的风险，进而促进囊肿形成。例如，长期酗酒、暴饮暴食的人群，患胰腺炎的概率增加，从而增加胰腺假性囊肿的发生风险；不注意个人卫生，容易引发生殖系统炎症，增加附件囊肿的发生可能。
遗传因素
发生机制：某些囊肿具有遗传倾向。例如，常染色体显性遗传多囊肾病，是由于基因缺陷导致肾小管结构和功能异常，进而形成多个囊肿，这种疾病有明显的家族遗传史，父母一方患病，子女有50%的遗传概率患病。
年龄性别：遗传相关的囊肿在各个年龄段都可能发病，无明显性别差异，但有家族遗传史的人群需格外关注，定期进行相关检查以便早期发现。
损伤因素
发生机制：外伤等损伤也可能导致囊肿形成。比如，体表的血肿机化后可形成囊肿，如外伤导致局部血管破裂出血，血肿吸收不完全，纤维组织增生包裹形成囊肿；肝脏外伤后形成的肝血肿，在吸收过程中也可能形成假性囊肿。
生活方式：从事高风险职业，如经常进行剧烈运动、易发生外伤的职业人群，发生损伤相关囊肿的风险相对较高。
内分泌因素
发生机制：内分泌紊乱可能与囊肿形成有关。例如，卵巢囊肿的发生与女性内分泌失调密切相关，体内雌激素水平异常升高，可能刺激卵巢组织增生形成囊肿，像多囊卵巢综合征患者，常伴有卵巢多囊样改变及囊肿形成。
性别年龄：主要见于女性，尤其是育龄期女性内分泌变化较大，更容易受到内分泌因素影响而出现囊肿相关问题。
寄生虫感染
发生机制：某些寄生虫感染可引起囊肿。例如，肝包虫囊肿是由细粒棘球绦虫的幼虫感染人体肝脏所致，寄生虫在肝内寄生，逐渐形成囊肿。
生活方式：有畜牧接触史、生活在流行区等特定生活方式的人群，感染寄生虫的风险增加，从而增加寄生虫性囊肿的发生可能。