毛囊炎的治疗药物需根据病情来选，一般细菌感染引起的毛囊炎，可选用抗生素类药物。比如外用的莫匹罗星软膏，它对革兰阳性球菌有很好的抗菌作用，能有效抑制细菌感染引发的毛囊炎。一般局部涂抹，一天使用2 - 3次。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏：主要针对革兰阳性球菌感染导致的毛囊炎，直接涂抹在患处，能起到杀菌消炎的作用，对皮肤表面常见的致病菌有较好的抑制效果。夫西地酸乳膏：也是常用于毛囊炎治疗的外用抗生素，对葡萄球菌有显著的抗菌活性，适用于由葡萄球菌等引起的毛囊炎，涂抹后能减轻炎症反应，缓解红肿、疼痛等症状。
抗真菌类药物
酮康唑乳膏：如果毛囊炎是由真菌感染引起的，像马拉色菌感染导致的毛囊炎，使用酮康唑乳膏就比较合适。它能抑制真菌细胞膜的合成，从而发挥抗真菌作用，一般需要连续使用一段时间来彻底杀灭真菌。特比萘芬乳膏：同样是抗真菌的外用药物，对于真菌感染相关的毛囊炎有治疗作用，通过干扰真菌麦角固醇的合成，达到抑制和杀灭真菌的目的。
严重情况的口服药物
口服抗生素：当毛囊炎比较严重，外用药物效果不佳时，可能需要口服抗生素。比如头孢类抗生素，不过使用前需要确认患者没有头孢类药物过敏史。头孢类抗生素能通过血液循环到达感染部位，发挥抗菌作用，控制炎症的进一步发展。但要注意，口服抗生素必须在医生的指导下使用，因为不同的头孢类药物有不同的适应证和用药要求。抗真菌口服药：如果是顽固的真菌性毛囊炎，可能需要口服抗真菌药物，如伊曲康唑。但伊曲康唑有一定的肝毒性风险，使用前需要检查肝功能，并且要严格遵循医生的用药疗程和剂量要求，因为它的使用需要密切监测肝脏功能等指标，以确保用药安全。