毛囊炎通常由细菌感染引起，常用的治疗药物有抗生素类药物。一般来说，局部外用抗生素药膏是常见的治疗方式，比如莫匹罗星软膏，它对多种革兰阳性菌有抗菌作用，能抑制细菌蛋白质合成，从而发挥杀菌功效。
外用抗生素药膏
莫匹罗星软膏： 适用于革兰阳性球菌引起的皮肤感染，能有效抑制细菌生长。一般直接涂抹在患处，每天3次左右。夫西地酸乳膏： 对引起毛囊炎的金黄色葡萄球菌有良好的抗菌活性，可抑制细菌的蛋白质合成，进而起到杀菌消炎作用，每日2 - 3次外用。
口服抗生素药物
头孢类抗生素： 如头孢拉定，属于广谱抗生素，能抑制细菌细胞壁的合成，从而发挥杀菌作用。不过对头孢过敏者禁用，一般成人用量是一次0.25 - 0.5克，每6小时一次。青霉素类抗生素： 像阿莫西林，通过抑制细菌细胞壁的合成来杀菌。青霉素过敏者不能使用，成人一般一次0.5克，每8小时一次。
特殊人群用药注意
儿童患者： 儿童使用抗生素需谨慎，要根据体重等因素调整剂量，且需在医生指导下选择合适的药物，避免自行用药导致不良反应。孕妇患者： 孕妇患毛囊炎用药需格外小心，某些抗生素可能会对胎儿产生影响，应咨询医生，选择相对安全的药物，如局部外用药物为主，尽量避免口服抗生素。