高密度脂蛋白胆固醇偏低可能由多种原因引起。一般来说，遗传因素可能导致部分人天生高密度脂蛋白胆固醇偏低，有研究显示约10%的人存在这种先天性的代谢特点。
生活方式因素
饮食方面：长期摄入高脂肪、高糖食物会影响高密度脂蛋白胆固醇水平。比如，经常大量吃油炸食品、蛋糕、奶茶等，其中的高脂肪、高糖成分会干扰脂质代谢，容易使高密度脂蛋白胆固醇降低。运动不足：缺乏运动的人，身体代谢率降低，不利于高密度脂蛋白胆固醇的合成与代谢。一般建议每周至少进行150分钟以上的中等强度有氧运动，如快走、慢跑等，若长期不运动，就可能增加高密度脂蛋白胆固醇偏低的风险。
疾病因素
肝脏疾病：患有肝炎、肝硬化等肝脏疾病时，肝脏合成高密度脂蛋白胆固醇的能力会受到影响。例如，肝炎患者的肝脏细胞受损，会干扰正常的脂质代谢过程，导致高密度脂蛋白胆固醇水平下降。内分泌疾病：像糖尿病患者，由于体内糖代谢紊乱，也常常伴随脂质代谢异常，容易出现高密度脂蛋白胆固醇偏低的情况。糖尿病会影响身体对脂肪的代谢调节，使得高密度脂蛋白胆固醇的水平难以维持正常。
药物影响
某些药物：长期服用一些药物也可能导致高密度脂蛋白胆固醇偏低。比如，部分利尿药，像呋塞米等，可能会影响脂质代谢，进而使高密度脂蛋白胆固醇降低；还有一些β受体阻滞剂，也可能对高密度脂蛋白胆固醇水平产生不利影响。不过具体的药物影响因药物种类和个体差异而有所不同。