大牙后面的牙肉肿痛，可能是智齿冠周炎、牙周炎、根尖周炎等口腔疾病引起的。治疗药物需要根据具体病因来选择，以下是一些常用的药物：
1.抗生素：如果肿痛是由细菌感染引起的，医生可能会开抗生素来消除炎症。常用的抗生素有头孢呋辛酯、甲硝唑等。使用抗生素时应遵循医生的建议，按时按量服用，不要自行停药。
2.非甾体抗炎药：这类药物可以缓解疼痛和肿胀，如布洛芬、对乙酰氨基酚等。但这类药物不能长期使用，以免引起胃肠道不适。
3.漱口液：使用含有氯己定、康复新液等成分的漱口液，可以帮助减轻口腔炎症，保持口腔清洁。
4.中药：一些中药也具有清热解毒、消肿止痛的作用，如蒲地兰消炎口服液、双黄连口服液等。但使用中药时需要注意辨证论治，最好在医生的指导下使用。
需要注意的是，药物治疗只能缓解症状，不能根治病因。如果牙肉肿痛持续不缓解或加重，应及时就医，进行进一步的检查和治疗。此外，在治疗过程中，还应注意保持口腔卫生，勤刷牙，多漱口，避免食用辛辣、刺激性食物。