孕早期腰疼特别厉害可能由怀孕引起的身体变化、缺钙、肾结石等导致。具体如下：
一、怀孕引起的身体变化：在孕前或孕期会出现子宫内膜增厚、宫颈松弛、韧带松弛等生理变化，这些变化可致使骶髂关节松弛、腰肌劳损等，进而引起疼痛，在孕早期尤其明显。对此，患者日常要注意休息，避免体力活动，同时可采用热敷、按摩、针灸等方式来缓解疼痛。
二、缺钙：体内钙元素缺乏时，可能会使全身骨骼肌兴奋性增高，引发肌肉痉挛，从而容易出现腰疼以及全身乏力等症状。可在医生指导下使用葡萄糖酸钙口服溶液、柠檬酸钙片等药物来改善此状况。
三、肾结石：孕期肾功能增强，尿中成分改变，易造成尿液浓缩，成分与容量不协调形成结晶，就容易形成结石。腰痛是肾结石的典型症状之一。患者在日常生活中要保证充足的饮水量，还可通过药物治疗，如盐酸坦索罗辛，或者选择手术治疗取出肾结石以促进结石排出，具体治疗方案需结合患者病情确定。
此外，还有其他可能疾病，如前置胎盘、脊柱侧凸、腰椎间盘突出症等，可通过药物治疗、物理治疗、脊椎矫正、手术治疗等途径进行处理。但孕期治疗需特别注意对胎儿的影响，任何治疗计划实施前都应先咨询医生意见，且注意要遵医嘱用药。
总之，孕早期腰疼厉害的原因多样，治疗方法也各不相同，应根据具体情况选择合适的处理方式。