胎记的形成原因目前尚未完全明确，一般认为可能与以下因素有关。目前研究发现，大约有10%的新生儿会出现胎记相关情况。
血管因素导致的胎记
鲜红斑痣：这是一种常见的血管性胎记，是由于胚胎发育过程中，特定部位的血管发育异常引起。在胚胎早期，血管形成过程出现紊乱，导致真皮浅层的毛细血管扩张、畸形。草莓状血管瘤：也是血管因素相关的胎记，其发生与血管内皮细胞的异常增殖有关。在婴儿出生后的前几个月内，这种增殖可能比较明显，表现为红色、高出皮肤表面的斑块。
色素因素导致的胎记
太田痣：主要是色素增加性胎记，是由于胚胎发育时，黑素细胞从神经嵴向表皮移行期间，停留在真皮深处而引起。太田痣多发生在面部，呈现出灰蓝色、青褐色的斑片。蒙古斑：属于色素沉着引起的胎记，常见于婴儿的腰骶部等部位，是因为胚胎期黑素细胞向表皮移行时滞留在真皮深部所致，通常为蓝色、灰青色的斑块，一般在儿童期会自行消退。
其他因素相关的胎记
兽皮痣：病因不太明确，可能与胚胎发育过程中某些组织的异常分化有关。兽皮痣表现为大片的毛发增生、皮肤增厚的斑块，面积往往较大。咖啡斑：其形成可能与遗传等因素有关，是一种较为常见的色素沉着性胎记，表现为边界清楚的褐色斑片，大小不一，有的可能会随着年龄增长而增大。