新生儿做磁共振检查通常是安全的，不会对身体造成长期影响，但可能有以下一些潜在影响：
1.镇静剂的使用：磁共振检查时，新生儿可能需要使用镇静剂来保持安静。这些镇静剂可能会引起一些短暂的副作用，如呼吸抑制、体温波动等。但在医生的监护下，这些副作用通常是可控的。
2.幽闭恐惧症：磁共振检查室是一个封闭的空间，可能会让一些新生儿感到不安或恐惧。医生会采取措施来减轻这种不适，如使用安抚奶嘴、音乐等。
3.耳部问题：在磁共振检查过程中，会产生强烈的磁场和噪声。这可能会对新生儿的耳部产生一定的压力和刺激，导致短暂的耳部不适或疼痛。但这种情况很少见，医生通常会在检查前进行耳部检查，并采取相应的预防措施。
4.热效应：磁共振检查过程中，磁场的变化会产生热量。但这种热量通常是非常小的，不会对新生儿的身体造成明显的影响。
需要注意的是，每个新生儿的情况都是独特的，医生会在检查前对新生儿进行全面的评估，并根据具体情况来决定是否适合进行磁共振检查。如果家长对新生儿的健康有任何疑虑或担忧，应及时与医生沟通，了解更多关于磁共振检查的信息和风险。