眼部扁平疣的去除办法包含物理治疗、药物治疗以及手术治疗。
一、物理治疗：眼部扁平疣一般是由HPV感染导致的，这是常见的病毒性皮肤病，可通过直接或间接接触进行传播。可运用激光或者冷冻这类物理手段，能够将皮损去除从而达到去除的效果。比如激光治疗，它利用激光的能量精准地作用于扁平疣病变部位，使疣体组织迅速受热汽化、碳化，进而被去除；冷冻治疗则是通过低温使疣体组织坏死、脱落。
二、药物治疗：需遵从医生的指导来使用水杨酸软膏或者维A酸乳膏、他扎罗汀凝胶等药物。水杨酸软膏可促使表皮剥脱，帮助去除扁平疣；维A酸乳膏和他扎罗汀凝胶能调节表皮细胞的增殖和分化，对扁平疣有一定的治疗作用。
三、手术治疗：要是病情较为严重，可采用手术切除的方式来治疗，以此达到治疗的目的。
在治疗期间要注重眼部的清洁与卫生，避免出现继发感染的情况，同时要定期到医院进行复查。
总之，对于眼部扁平疣的去除，可根据具体病情选择合适的方法，并且要注意治疗过程中的护理和观察。