新生儿甲状腺功能低下主要是因为甲状腺发育异常或甲状腺激素合成障碍等原因。据统计，新生儿甲状腺功能低下的发病率约为1/4000 - 1/5000。
甲状腺发育异常导致
甲状腺缺如： 胎儿在发育过程中，甲状腺组织没有正常形成，导致甲状腺无法分泌足够的甲状腺激素。这是比较常见的原因之一，可能与胚胎发育时期的一些基因调控异常有关。甲状腺异位： 甲状腺没有长在正常的颈部位置，而是异位到其他部位，这样的甲状腺组织功能可能不正常，无法正常分泌甲状腺激素来满足新生儿身体代谢等需求。
甲状腺激素合成障碍引发
碘化物转运缺陷： 甲状腺细胞摄取碘的过程出现问题，无法将足够的碘转运到甲状腺内，进而影响甲状腺激素的合成。碘是合成甲状腺激素的重要原料，碘转运障碍就会导致激素合成不足。过氧化物酶缺陷： 甲状腺内过氧化物酶是参与甲状腺激素合成过程中的关键酶，如果这种酶出现缺陷，会使碘的有机化过程受阻，从而影响甲状腺激素的正常合成，使得新生儿甲状腺功能低下。
遗传因素相关
常染色体隐性遗传： 某些与甲状腺发育和激素合成相关的基因发生隐性突变，当父母双方都携带隐性致病基因时，新生儿有一定概率从父母双方各继承一个致病基因，从而导致甲状腺功能低下。例如一些编码甲状腺相关蛋白的基因发生突变，就可能影响甲状腺的正常功能。特定基因缺陷： 比如编码甲状腺转录因子的基因出现缺陷，会影响甲状腺的正常发育和功能，使得甲状腺激素分泌不足，引发新生儿甲状腺功能低下。这种遗传因素导致的情况往往具有家族性倾向，需要进行基因检测等相关检查来明确诊断。