子宫内膜异位症的发生原因目前尚未完全明确，不过有几个主要因素与之相关。其中，经血逆流是比较重要的一个原因，据统计，大约有10% - 15%的女性存在经血逆流的情况，在逆流的经血中，脱落的子宫内膜细胞可能会种植到盆腔等部位，从而引发子宫内膜异位症。
经血逆流相关
经期宫腔操作影响： 在月经期间，如果进行宫腔内的操作，比如做子宫输卵管造影等，就可能会促使经血逆流的情况更易发生，增加子宫内膜异位症的发病风险。解剖结构因素： 女性的生殖系统结构使得经血有逆流的可能，正常情况下，子宫的输卵管与盆腔相通，月经血有可能顺着输卵管逆流到盆腔。
遗传因素影响
家族遗传倾向： 如果家族中有女性患有子宫内膜异位症，那么其他女性成员患该病的风险会比正常人群高一些。研究发现，约15%的患者有家族史，一级亲属中有患者的人，发病风险比无家族史者高7倍左右。基因相关影响： 某些特定的基因变异可能与子宫内膜异位症的易感性有关，虽然具体的基因机制还在进一步研究中，但遗传因素确实在其中起到一定作用。
免疫调节异常
免疫系统功能异常： 人体的免疫系统对于清除异位的子宫内膜细胞起着重要作用。当免疫系统出现异常时，比如免疫监视功能下降，就不能有效清除异位的子宫内膜细胞，使得它们在异位部位种植生长，进而引发子宫内膜异位症。炎症反应参与： 异位的子宫内膜细胞会引起局部的炎症反应，炎症因子的释放会促进子宫内膜细胞的种植、生长和发展，形成子宫内膜异位病灶。
其他可能因素
环境因素： 长期处于一些特殊的环境中，比如接触某些化学物质等，可能会对身体的内分泌和免疫系统产生影响，从而增加子宫内膜异位症的发病几率，但具体的环境因素与该病的关联还需要更多研究来明确。生活方式因素： 一些不良的生活方式也可能有一定影响，比如长期精神压力过大，会影响内分泌系统的平衡，进而可能与子宫内膜异位症的发生有关，但这方面的机制还需深入探究。