治牙周炎的药物主要有抗生素类、抗炎类等。一般来说，治疗牙周炎常用的药物有甲硝唑、阿莫西林等。
抗生素类药物
甲硝唑： 对厌氧菌有较好的抑制作用，能有效杀灭引起牙周炎的部分病菌。它可以通过抑制细菌的DNA合成，从而阻止细菌的生长繁殖。不过，孕妇及哺乳期女性要慎用，因为可能会对胎儿或婴儿产生不良影响。阿莫西林： 属于青霉素类抗生素，能抑制细菌细胞壁的合成，起到杀菌作用。它对多种引起牙周炎的病菌有一定的杀灭效果，但对青霉素过敏的人不能使用。
抗炎类药物
布洛芬： 具有抗炎、镇痛的作用，能缓解牙周炎引起的牙龈肿痛等症状。一般来说，成人一次可以服用0.3~0.6克，每天3~4次，但要注意胃溃疡患者等慎用。双氯芬酸钠： 也是一种非甾体抗炎药，抗炎镇痛效果较好。它可以通过抑制环氧化酶的活性，减少前列腺素的合成，从而减轻炎症和疼痛。不过，有消化道溃疡病史的人要谨慎使用。
局部用药
米诺环素凝胶： 属于局部用的抗生素凝胶，直接作用于牙周袋内。它能在局部持续释放药物，抑制牙周致病菌。使用时将凝胶注入牙周袋内，一般一周使用1次，相对比较方便，但少数人可能会出现局部刺激症状。碘甘油： 有杀菌、收敛的作用。可以涂抹在牙龈缘等部位，起到消炎、减轻红肿的效果。它对多种口腔病菌有一定的抑制作用，使用比较简单，但如果对碘过敏的人不能用。