治疗牙周炎的药物主要有抗生素类、抗炎类等。一般来说，治疗牙周炎常用的药物有甲硝唑等。
抗生素类药物
甲硝唑： 属于硝基咪唑类抗生素，对厌氧菌有较好的抑制作用。牙周炎常与厌氧菌感染相关，甲硝唑可以通过抑制细菌DNA的合成，从而起到杀菌消炎的作用。不过，孕妇及哺乳期女性需要慎用。阿莫西林： 是一种广谱青霉素类抗生素，能抑制细菌细胞壁的合成，发挥杀菌作用。它可以用于牙周炎的治疗，与甲硝唑联合使用时，能增强对牙周炎相关细菌的抗菌效果，但对青霉素过敏的人不能使用。
抗炎类药物
布洛芬： 属于非甾体抗炎药，具有抗炎、镇痛、解热的作用。当牙周炎引起疼痛和肿胀时，布洛芬可以缓解疼痛和减轻炎症反应。不过，有消化道溃疡病史的人要谨慎使用，因为它可能会加重消化道溃疡的风险。阿司匹林： 同样是非甾体抗炎药，也能起到抗炎止痛的效果。但阿司匹林可能会引起胃肠道出血等不良反应，使用时需要密切关注自身情况，尤其是有出血倾向的人要慎用。
局部用药
碘甘油： 局部涂抹在牙周袋内，具有杀菌、收敛、消炎的作用。可以直接作用于牙周炎的病变部位，减轻炎症，促进牙周组织的恢复。使用时要注意正确的涂抹方法，避免接触到口腔的其他敏感部位。米诺环素凝胶： 是一种局部用的四环素类抗生素凝胶，直接应用于牙周袋内。它能缓慢释放药物，长时间发挥抗菌作用，对牙周炎的治疗有较好的效果，不过对四环素类药物过敏的人不能使用。