灰指甲要除根可以通过外用药物、口服药物以及手术等方法。一般来说，外用抗真菌药物治疗周期较长，可能需要数月时间。
外用药物治疗
局部擦药：常用的有阿莫罗芬搽剂，它能渗透进甲板发挥抗真菌作用。每周使用1 - 2次，连续使用数月，不过起效相对较慢。注意事项：使用前要先将病甲尽量修薄，这样药物能更好渗透，但修甲时要避免损伤周围正常皮肤。
口服药物治疗
伊曲康唑：采用冲击疗法，即服用一周停三周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。它是脂溶性药物，吃饭时服药有利于吸收。特殊人群：肝功能异常者禁用，用药前需检查肝功能。特比萘芬：每天口服一次，连续服用12 - 16周。肾功能不全者要适当调整剂量。
手术治疗
拔甲术：过去常用，但现在较少采用。因为拔甲痛苦且创面大，容易引发感染，而且新长出来的指甲仍有复发可能。适用情况：单发的灰指甲，病情较轻时可考虑，但术后要精心护理，防止感染。
日常注意事项
个人卫生：要保持手足清洁干燥，勤换鞋袜，不和他人共用拖鞋、脚盆等物品，避免交叉感染。生活习惯：加强锻炼，增强身体免疫力，有助于抵抗真菌侵袭。如果有其他癣病如足癣等，要同时治疗，否则灰指甲容易复发。