灰指甲治疗除根需要综合多种方法，一般可以通过外用药物、口服药物以及手术等方式。比如外用抗真菌药，像阿莫罗芬搽剂，每周使用1 - 2次，坚持使用几个月可能有效果，但相对起效较慢。
外用药物治疗
阿莫罗芬搽剂：它是局部外用抗真菌药，能干扰真菌细胞膜麦角固醇的合成，从而发挥抗真菌作用。使用时要先清洁病甲，然后涂抹，一般每周使用1 - 2次，不过需要连续使用数月才能看到较好效果。环吡酮胺乳膏：同样是外用抗真菌药，可抑制真菌细胞膜的合成，对灰指甲的致病真菌有一定抑制作用。使用时均匀涂抹在病甲及周围皮肤，每天1 - 2次。
口服药物治疗
伊曲康唑：属于广谱抗真菌药，它可以抑制真菌细胞色素P450酶，影响真菌细胞膜合成。采用冲击疗法，即服用1周，停药3周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程，不过服用前需要检查肝功能，因为可能会对肝脏有一定影响。特比萘芬：能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜合成。一般每天口服一次，疗程相对较短，通常手指甲癣需要服用6 - 8周，脚趾甲癣需要服用12 - 16周，但同样要注意肝功能情况。
手术治疗
拔甲术：对于单发的灰指甲，可以考虑拔甲。不过拔甲后要注意预防感染，并且新长出来的指甲可能需要较长时间才能恢复正常，而且拔甲后还需要配合抗真菌药物治疗，防止复发。但拔甲会比较疼痛，并且有一定的感染风险。激光治疗：利用激光的热能等效应破坏真菌。不过激光治疗灰指甲目前还处于研究和应用阶段，一般需要多次治疗，而且效果因人而异，部分患者可能需要结合其他治疗方法才能达到较好的除根效果。
日常护理要点
保持足部干燥：灰指甲多与足部潮湿有关，所以要经常换袜子，穿透气性好的鞋子，尽量让脚部保持干燥环境，降低真菌滋生的可能性。比如每天更换干净的袜子，选择棉质吸汗的袜子，鞋子也最好选择透气的运动鞋等。避免共用物品：不要与他人共用拖鞋、脚盆等物品，防止交叉感染。因为灰指甲具有传染性，通过共用物品很容易将真菌传染给他人，也可能导致自身其他指甲感染。