屁股内侧两边疼痛可能由多种原因引起。比如久坐后肌肉疲劳可能导致疼痛，一般久坐超过1小时就可能引发这种情况。
肌肉劳损导致的疼痛
长期久坐或久站：长时间保持同一姿势，像久坐办公室工作、长时间开车等，会使臀部内侧肌肉处于紧张状态，进而引发疼痛。这类人群每天久坐时间若超过8小时，就更容易出现屁股内侧两边疼痛。运动过度：突然进行大量高强度运动，比如长时间跑步、登山等，会导致臀部肌肉产生乳酸堆积，也会引起屁股内侧两边疼痛。
腰椎间盘突出引发的疼痛
神经受压：当腰椎间盘发生突出时，突出的椎间盘可能会压迫到支配臀部的神经，从而导致屁股内侧两边出现放射性疼痛。一般腰椎间盘突出患者中，约有30% - 40%会伴随屁股内侧疼痛的症状。姿势不当加重：长期弯腰劳作、不正确的坐姿等不良姿势会加重腰椎间盘突出对神经的压迫，使屁股内侧疼痛加剧。
髋关节疾病导致的疼痛
髋关节滑膜炎：髋关节滑膜受到炎症刺激时，会引起屁股内侧两边疼痛，这种情况在儿童中相对多见。儿童患上髋关节滑膜炎后，活动时疼痛会明显加重。股骨头坏死：某些原因导致股骨头缺血坏死，也会表现为屁股内侧两边疼痛，尤其是长期大量使用激素、有过髋部外伤的人群更容易出现。早期股骨头坏死可能在行走一定距离后出现疼痛，休息后缓解。
妇科疾病引起的疼痛（女性）
盆腔炎：女性盆腔内器官发生炎症时，可能会牵涉到屁股内侧两边出现疼痛。盆腔炎患者中约有20% - 30%会有下腹及屁股内侧疼痛的表现。附件炎：附件发生炎症时，也可能导致屁股内侧两边出现隐痛等不适症状。