衣原体感染后，不同部位感染症状有所不同。比如泌尿生殖系统感染，男性可能出现尿道刺痒、灼痛，还可能有尿频、尿急，尿道口轻度红肿，分泌物稀薄，量少，为浆液性或脓性，少数人症状不明显；女性泌尿生殖系统感染时，可能出现宫颈炎症，表现为宫颈充血、水肿、糜烂，有黏液脓性分泌物，阴道分泌物增多，外阴瘙痒等。
泌尿生殖系统感染症状
男性泌尿生殖系统：男性感染衣原体后，初期可能感觉尿道有轻微不适，像刺痒感，接着会出现灼痛，排尿时明显。还可能有尿频、尿急的情况，尿道口会轻度红肿，分泌物流出，分泌物通常比较稀薄，量少，呈浆液性或脓性。部分人症状可能不典型，容易被忽视。女性泌尿生殖系统：女性感染衣原体，宫颈是常见受累部位。会出现宫颈炎症，表现为宫颈充血、水肿、糜烂，有黏液脓性分泌物。同时，阴道分泌物会增多，外阴可能有瘙痒感。
眼部感染症状
沙眼衣原体感染眼部：会引起沙眼，早期症状有眼睛发痒、有异物感、流泪，随着病情发展，会出现结膜充血、乳头增生、滤泡形成等。如果不及时治疗，可能会导致眼睑内翻、倒睫、角膜混浊等严重后果，影响视力。
呼吸道感染症状
肺炎衣原体感染呼吸道：儿童感染肺炎衣原体后，可能出现咳嗽，多为干咳，可持续较长时间，一般病程相对较长。还可能伴有发热，体温可能在38℃左右，部分孩子会有咽痛、声音嘶哑等症状。成人感染肺炎衣原体引起呼吸道感染时，也会有咳嗽，可能伴有头痛、乏力等全身症状。
其他部位感染症状
直肠感染：如果是直肠感染衣原体，可能会出现直肠部位的不适，比如直肠疼痛、瘙痒，有分泌物排出，还可能有腹泻等症状。