男人感染衣原体后，部分人可能没有明显症状，而有症状的通常会在感染后1~3周出现尿道症状。比如男性尿道炎症状较为常见，主要表现为尿道刺痒、刺痛或烧灼感，同时伴有不同程度的尿频、尿急，尿道口可能会有轻度红肿，分泌物稀薄，呈浆液性或脓性，量较少，晨起时可能会有“糊口”现象。
泌尿生殖系统症状表现
尿道炎表现： 除了上述尿道刺痒、刺痛等症状外，有的患者尿道分泌物会比较明显，在排尿时可能会感觉尿道不适加剧。部分患者病情若迁延不愈，还可能引发附睾炎等并发症，表现为阴囊部位疼痛、肿胀，附睾肿大、触痛等。前列腺炎相关： 少数男性衣原体感染可能会累及前列腺，导致前列腺炎，出现会阴部胀痛、坠胀感，尿频、尿急等排尿异常情况，还可能伴有性功能方面的影响，比如勃起功能受影响等，但相对来说这种情况发生概率相对低一些。
与其他疾病的鉴别要点
与淋菌性尿道炎鉴别： 淋菌性尿道炎一般起病较急，尿道分泌物多为脓性，量较多，而衣原体尿道炎分泌物相对较少且多为浆液性。通过尿道分泌物涂片镜检，淋菌性尿道炎可发现革兰阴性双球菌，而衣原体尿道炎则无。另外，实验室检查如核酸检测等可以明确区分是衣原体还是淋球菌感染。与非淋菌性尿道炎其他病原体鉴别： 非淋菌性尿道炎还可能由支原体等其他病原体引起，不过衣原体感染有其自身的临床特点，通过详细的病史询问、临床表现以及实验室检查综合判断来区分不同病原体导致的非淋菌性尿道炎。
对生育等方面的潜在影响
对精子质量的影响： 男性衣原体感染如果没有得到及时有效的治疗，可能会影响精子的质量和活力。有研究发现，衣原体感染可能会导致精子畸形率升高，影响精子的正常运动能力等，进而对生育造成一定的阻碍，增加男性不育的风险。对生殖系统功能的长期影响： 长期的衣原体感染还可能逐渐破坏生殖系统的正常结构和功能，比如导致输精管道的炎症、狭窄等，进一步影响精子的输送，从而严重影响生育功能。所以男性一旦怀疑感染衣原体，应及时就医检查治疗。