男性感染衣原体后，部分人可能没有明显症状，而有症状的男性，常见的症状表现如下：
尿道不适症状
尿道刺痒： 男性感染衣原体后，尿道会有明显的刺痒感，这种刺痒感可能会持续存在，时轻时重。一般持续时间可能在数天到数周不等。尿道分泌物： 多数患者会出现尿道分泌物，分泌物一般比较稀薄，呈浆液性，量相对较少。有的患者晨起时会发现尿道口有少量黏液性分泌物，黏住尿道口，也就是所谓的“糊口”现象。
排尿相关症状
尿频： 会出现尿频的情况，即排尿次数明显增多。一般来说，正常成人白天排尿4 - 6次，夜间0 - 2次，而感染衣原体的男性可能会超过这个频率，比如白天排尿次数达到8次以上，甚至更多。尿急： 有比较明显的尿急症状，就是突然有强烈的排尿欲望，很难控制。往往有了尿意就必须马上找厕所排尿，否则很难忍受。尿痛： 排尿时会有尿痛的感觉，疼痛程度因人而异，有的是轻微的刺痛，有的则比较明显。疼痛一般在排尿开始时较为明显，也有的贯穿整个排尿过程。
其他相关症状
附睾炎： 部分男性感染衣原体后可能会引发附睾炎，表现为附睾部位疼痛、肿胀，附睾体积增大，用手触摸时能感觉到附睾有明显的异常。疼痛可能会放射到下腹部和腹股沟区域。前列腺炎： 少数男性可能出现前列腺炎相关症状，如会阴部坠胀不适、下腹部隐痛等，同时可能伴有尿频、尿急等排尿异常情况，不过相对来说这种情况发生的比例相对低一些。