头皮毛囊炎通常可以使用抗生素类药物来治疗，一般局部外用莫匹罗星软膏等，若症状较重，可能需要口服抗生素，如头孢类抗生素等，一般规范用药后数天到几周内可能会有改善。
外用抗生素药物
莫匹罗星软膏：这是一种常用的外用抗生素，适用于革兰阳性球菌引起的皮肤感染。它可以抑制细菌蛋白质的合成，从而发挥抗菌作用。一般每天外用2 - 3次，直接涂抹在头皮毛囊炎的患处即可。使用时要注意保持局部皮肤清洁干燥。夫西地酸乳膏：对引起头皮毛囊炎的常见细菌有较好的抗菌活性。它通过抑制细菌的蛋白质合成来发挥杀菌作用。同样是每天外用数次，涂抹在患处。
口服抗生素药物
头孢类抗生素：如果头皮毛囊炎比较严重，或者外用药物效果不佳时，可能需要口服头孢类抗生素。比如头孢拉定等。头孢类抗生素能抑制细菌细胞壁的合成，达到杀菌的目的。但使用前需要确定患者没有头孢类药物过敏史。大环内酯类抗生素：像红霉素等也可用于头皮毛囊炎的治疗。红霉素通过抑制细菌蛋白质的合成来发挥抗菌作用。对于一些对青霉素类药物过敏的患者，可以考虑使用红霉素，但使用过程中要注意观察是否有胃肠道不适等不良反应。
抗真菌药物
酮康唑洗剂：如果头皮毛囊炎是由真菌感染引起的，酮康唑洗剂就比较适用。它可以抑制真菌细胞膜的合成，影响真菌的代谢。使用时将洗剂涂抹在头皮上，轻轻按摩几分钟后冲洗干净，一般每周使用2 - 3次。伊曲康唑：如果是比较顽固的真菌性头皮毛囊炎，可能需要口服伊曲康唑。伊曲康唑能抑制真菌细胞色素P450酶系统，影响真菌细胞膜的合成。但口服伊曲康唑需要注意监测肝功能等，因为它可能会对肝脏有一定影响。
注意事项
皮肤破损情况：如果头皮毛囊炎处皮肤有破损，使用外用药物时要更加小心，避免药物刺激伤口引起疼痛等不适。同时要保持破损处清洁，防止感染加重。特殊人群：孕妇和哺乳期女性使用治疗头皮毛囊炎的药物时要谨慎。比如口服抗生素可能会通过胎盘或乳汁影响胎儿或婴儿，需要在医生的指导下选择相对安全的药物。儿童使用药物时也需要谨慎，要根据儿童的年龄和体重等情况，在医生的建议下选择合适的药物及剂量。