头皮毛囊炎通常可使用抗生素类药物治疗，一般局部外用药物为主，病情严重时可配合口服药物。比如局部外用莫匹罗星软膏，这是一种常用的抗生素软膏，对多种细菌有抑制作用。
外用抗生素药物
莫匹罗星软膏： 适用于革兰阳性球菌引起的头皮毛囊炎，能抑制细菌蛋白质合成，起到杀菌消炎作用。一般每天外用2 - 3次，直接涂抹在患处。夫西地酸乳膏： 对引起毛囊炎的金黄色葡萄球菌等有较好的抗菌活性，局部涂抹，每日2 - 3次，能减轻毛囊炎症。
口服抗生素药物
头孢类抗生素： 如头孢呋辛酯，若头皮毛囊炎是由敏感菌感染引起，且病情相对较重时可考虑使用。但使用前需确认患者不对头孢类药物过敏，一般成人常用剂量是一次0.25 - 0.5克，一天2次。大环内酯类抗生素： 像红霉素，可用于对青霉素过敏的患者引起的头皮毛囊炎。口服剂量一般为一次0.25 - 0.5克，一天3 - 4次。不过儿童使用时需注意剂量调整，要按照体重等计算合适用量。
抗真菌药物
伊曲康唑： 如果头皮毛囊炎是由真菌感染引起，比如马拉色菌感染导致的，可考虑使用伊曲康唑。但使用前需评估患者的肝肾功能等情况，一般成人治疗皮肤感染时常用剂量是一次0.2克，一天1次，连服7天。不过儿童使用伊曲康唑需要非常谨慎，必须在医生指导下，根据体重等因素来确定剂量。特比萘芬： 也可用于治疗真菌性头皮毛囊炎，口服剂量一般为一次0.25克，一天1次，疗程需根据病情而定，通常几周不等。同样，儿童使用也需要严格遵循医生的指导。