小孩屁眼疼可能由多种原因引起。比如，常见的肠道寄生虫感染就可能导致小孩屁眼疼，像蛲虫感染较为多见，夜间蛲虫会爬出肛门产卵，刺激肛周皮肤，从而引起疼痛。
肠道寄生虫感染方面
蛲虫感染： 蛲虫一般在夜间活动，会爬出肛门产卵，此时会让孩子感觉屁眼奇痒，孩子不自觉搔抓后就可能导致疼痛。这种寄生虫感染在儿童群体中较为常见。蛔虫等其他寄生虫： 蛔虫等肠道寄生虫在肠道内活动，也可能影响肠道功能，间接导致肛门周围不适疼痛。
局部皮肤问题方面
尿布疹： 如果小孩长时间使用不透气的尿布，或者 diaper更换不及时，尿液、粪便刺激肛周皮肤，就容易引发尿布疹，出现屁眼疼的情况。尤其是一些皮肤敏感的小孩更容易发生。肛周湿疹： 小孩肛周皮肤潮湿、过敏等情况可能引发肛周湿疹，表现为肛周皮肤发红、瘙痒、疼痛等症状。比如孩子局部皮肤接触到某些过敏物质，就可能诱发湿疹。
肛肠疾病方面
肛裂： 小孩如果大便干结，排便时过于用力，就可能导致肛管皮肤裂开，引起屁眼疼痛，同时可能伴有便血。这种情况在大便干燥的孩子中较易出现。肛瘘： 虽然相对少见，但小孩也可能出现肛瘘情况，会表现为肛周反复肿痛、流脓等，也可能导致屁眼疼。