肾结石碎石后还疼的原因主要包括以下方面。
一、结石击碎后未排出或排出下移过程中导致输尿管划伤而引起疼痛。肾结石进行体外冲击波碎石，其原理是利用超声波能量将肾脏内的大结石震碎成小结石，这些小结石经人体自然通道，即从肾盂进入输尿管、膀胱、尿道后排出体外。在此过程中，结石刺激输尿管黏膜会引发肾绞痛发作，而且小结石在排出和掉落过程中偶尔也会有疼痛现象，这属于正常情况。
二、手术治疗如经皮肾镜或输尿管软镜碎石术后留置双J管引起疼痛。双J管是一种两侧为J型的直行管道，中间直行部分位于输尿管内，起到支撑输尿管、防止炎性狭窄、支撑扩张输尿管以及有助于尿液引流和小结石结晶排出的作用。但双J管在体内会刺激膀胱黏膜和肾盂黏膜从而导致疼痛，这也属于正常现象，同时可能伴有血尿。通常术后一个月拔除双J管后此类症状即可缓解。疼痛严重时，建议患者及时进行泌尿系B超或CT检查。
总之，肾结石碎石后还疼可能是正常现象也可能存在异常情况，需要根据具体情况判断和处理。