肾结石碎石后疼痛难忍可能是多种原因导致，以下是常见情况。
碎石后结石移动刺激
碎石后结石碎成小颗粒，在排出过程中会刺激输尿管等部位，引发痉挛性疼痛，这是较为常见的原因，小颗粒结石在通过狭窄的尿路通道时，会不断刺激周围组织，导致疼痛持续或阵发性加剧。
局部组织损伤
碎石过程中可能对肾脏、输尿管等局部组织造成一定损伤，损伤部位会引起疼痛，这种疼痛可能较为明显，尤其在活动或身体变动时，损伤部位受到牵扯会加重疼痛感觉。
尿路梗阻
碎石后小结石堆积可能造成尿路梗阻，尿液排出不畅，肾脏内压力升高，从而引起腰部或腹部的胀痛，梗阻情况越严重，疼痛往往越剧烈。
个体差异因素
不同患者对疼痛的耐受程度不同，有些患者可能本身对疼痛较为敏感，即使是正常程度的结石碎石后反应，也会感觉疼痛难忍，另外，患者的年龄、身体基础状况等也会影响对疼痛的感受，比如老年患者身体机能相对较弱，可能对疼痛的感知更强烈。
对于肾结石碎石后疼痛难忍的情况，患者应及时与医生沟通，医生会根据具体情况进行相应处理，以缓解疼痛，促进结石顺利排出。同时，患者要注意休息，适当增加饮水，帮助结石排出，密切观察自身症状变化，如有异常及时反馈。