怀孕13周肚子隐隐作痛可能有以下原因：
一、正常生理现象：在怀孕13周时，随着胎儿的逐渐发育长大，子宫也会随之逐渐增长，这样就容易对周围的组织以及韧带造成牵拉和挤压，从而引发肚子隐隐作痛，这属于正常的生理表现。
二、先兆流产：会致使肚子隐隐作痛，还可能出现阴道少量出血的情况，并且出血时间通常较长。一旦确诊，就需要及时进行保胎治疗。
三、胃肠功能紊乱：饮食不当、腹部着凉等因素都可能诱发胃肠功能紊乱，进而导致肚子隐隐作痛，同时还可能伴有恶心、腹泻等症状。
四、胃肠道不适：可能是因为食用了不洁的食物而引起胃肠不适。
五、其他疾病的原因：比如急性胰腺炎、子宫肌瘤变性、卵巢蒂扭转等疾病，同样会导致孕妇肚子痛，此时应尽早前往医院进行检查，以便对症治疗。
总之，当怀孕13周肚子出现隐隐作痛且症状持续较久时，应尽快就医进行详细检查，明确病因后，在医生的指导下及时采取相应的治疗措施，避免产生严重后果。