怀孕13周肚子隐隐作痛的原因包括以下几种：
一、正常生理现象：怀孕13周时，随着胎儿的不断发育长大，子宫也会逐渐增大，这样就容易对周围的组织以及韧带造成牵拉和挤压，从而引起肚子隐隐作痛，这属于正常的生理表现。
二、先兆流产：会引发肚子隐隐作痛，同时还会伴有阴道少量出血，且出血时间可能较长。一旦确诊，需要及时进行保胎治疗。
三、胃肠功能紊乱：因饮食不当、腹部着凉等因素可导致胃肠功能紊乱，进而诱发肚子隐隐作痛，还可能伴有恶心、腹泻等症状。
四、胃肠道不适：可能是进食了不洁食物导致胃肠不适。
五、其他疾病：如急性胰腺炎、子宫肌瘤变性、卵巢蒂扭转等疾病，也会致使孕妇肚子痛，此时应尽早前往医院检查并对症治疗。
总之，当怀孕13周肚子隐隐作痛的症状持续较长时间时，应及时就医进行相关检查，明确病因后，在医生的指导下进行相应的治疗，以避免产生严重后果。