早上起来手指关节僵硬、疼痛的原因包括局部受压、类风湿关节炎、腱鞘炎、骨关节炎、腕管综合征。以下进行详细阐述：
一、局部受压：如果睡觉时手部长期被压迫，致使手部血液循环不畅，就会在早上出现手指关节僵硬、疼痛的情况，不过这种状况通常过一段时间可自行缓解，同时也可适当进行局部热敷、按摩来改善。
二、类风湿关节炎：这主要是由于滑膜内细胞增生以及间质大量炎性细胞浸润所引发。在夜间休息时，滑膜会充血、水肿并覆盖有纤维素样沉积物，使得关节活动受限，进而导致早上起来手指关节僵硬、疼痛，严重时会有明显手部关节畸形，还伴有关节肿胀疼痛，对手部屈伸活动造成影响。
三、腱鞘炎：多因关节频繁活动或僵持在同一位置时间过长而产生。夜晚睡眠时长久不活动，会导致手指肌腱在腱鞘内肿胀并卡压神经，从而引起早上起来手指关节僵硬、疼痛，手指弯曲时会出现扳机样动作及弹响，通过休息、热敷及按摩能有所缓解。
四、骨关节炎：由于关节长期磨损，关节部位出现显著退变，周围软骨及韧带关节囊增生，而剥脱的软骨碎片在夜间长时间不活动的情况下，可能会附着于滑膜上，由滑液中的黏蛋白包裹后形成游离体，从而导致早上起来手指关节出现卡锁症状，即表现为僵硬、疼痛，同时手指关节肿大变形明显，关节活动会有骨摩擦感。
五、腕管综合征：常见于各种因素导致腕管内压力过高的情况，腕管综合征患者手腕关节附近的神经会被卡压，可能会累及手指，导致晨起手指僵硬且有疼痛感。
总之，早上起来手指关节僵硬、疼痛，发现这种情况后应及时就医治疗。若症状未缓解或持续加重，应及时进行详细检查并对症治疗。